La estructura organizativa del posgrado comprende tres instancias: el comité académico, la coordinación del programa, y las entidades académicas participantes. De cada una de éstas se presentan en las páginas siguientes, las funciones, organización y vínculos. Estos aspectos se resumen al final en un organigrama.
Es importante señalar que la coordinación del programa integra las propuestas provenientes de las entidades y de los campos de conocimiento. A su vez atiende los aspectos académicos, administrativos, presupuestales y logísticos que serán analizados y decididos en las reuniones del comité académico.